Miloš S. Milojević, rođen je 16. oktobra 1840. godine u selu Crna Bara u Mačvi (tada Kneževina Srbija). Rođen je u svešteničkoj porodici. Otac mu je bio mačvanski protojerej Stefan Milojević, što je Milošu odmalena omogućilo pristup starim bogoslužbenim knjigama i razvilo duboku duhovnu pismenost.
Osnovno obrazovanje stiče u Glogovcu i Šapcu, nakon čega završava Prvu mušku gimnaziju u Beogradu. Diplomirao je na Pravnom odeljenju Liceja 1862. godine. Kao državni stipendista odlazi u Carsku Rusiju. Na Moskovskom univerzitetu Lomonosov tri godine (1862–1865) studira državno pravo, ali uporedo upisuje istoriju i filologiju slovenskih naroda. Tamo uči pod mentorstvom najvećih ruskih slavista tog doba, koji su proučavali zajedničke praslovenske korene.
Po povratku u Srbiju radi u pravosuđu (sekretar suda u Šapcu, zatim sudija u Valjevu). Kasnije prelazi u prosvetu i radi kao profesor i upravitelj Druge muške gimnazije u Beogradu. Osniva „Odbor za škole i crkve u Staroj Srbiji i Makedoniji”. Prerušen u muslimanskog hodžu i putujućeg derviša, obilazi Kosovo, Metohiju i Vardarsku Makedoniju pod turskom vlašću. Tajno otvara zatrpane crkvene podrume i sa tavana spasava stare srbske srednjovekovne rukopise.
U Srbsko-turskim ratovima organizuje i lično komanduje Deli-gradskim dobrovoljačkim odredom. Njegovi „Milojevići ratnici” oslobađaju delove Raške i Kopaonika, a za iskazano vojničko viteštvo i odbranu pozicija Milojević dobija najviša vojna odlikovanja Kneževine Srbije.
Milojević je iza sebe ostavio desetine naučnih radova, a tri velika izdanja čine stubove autohtonizma:
1. „Odlomci istorije Srba i srbskih (jugoslovenskih) zemalja u Turskoj i Austriji” (u tri knjige, 1872) — Njegovo kapitalno istorijsko-geografsko delo u kome na osnovu antičkih mapa, toponima i zapisa dokazuje da su Srbi izvorni starosedeoci Balkana, direktni naslednici Ilira i Tračana, i ruši tezu o masovnoj seobi u 7. veku.
2. „Pesme i običaji ukupnog naroda srbskog” (u tri toma, 1869–1875)— Najveća zbirka narodnih lirskih i epskih pesama sakupljena na terenu Stare Srbije i Dalmacije. U ovim pesmama narodno sećanje je sačuvalo imena srbskih kraljeva i vojnih pohoda duboko u antici, pre nove ere.
3. „Naši manastiri i kaluđerstvo” — Detaljan pregled crkvene arhitekture i istorije srbskih svetinja izvan tadašnjih slobodnih granica Kneževine.
Nakon Berlinskog kongresa 1878. godine, zvanična srbska državna politika pod vođstvom kralja Milana Obrenovića okreće se ka Beču. Potpisivanjem Tajne konvencije, Srbija se obavezala da neće širiti nacionalnu propagandu prema Bosni, Hercegovini i Dalmaciji.
Austrougarskoj je Milojevićev rad (koji je dokazivao srbski karakter Dalmacije i zaleđa) bio ogromna pretnja. Na zahtev Beča, zvanična Srbska kraljevska akademija pod vođstvom Stojana Novakovića preuzima bečko-berlinsku istorijsku školu, a Milojevićev naučni smer se proglašava „političkim romantizmom”. Smenjen je sa profesorskih pozicija, izolovan iz naučne javnosti i javno diskreditovan.
Prilikom svojih putovanja, Milojević je sakupio ogromnu količinu dokumenata: desetine originalnih srednjovekovnih povelja, prepise natpisa sa antičkih kamenih spomenika, etnografske popise i retke knjige. Čitav ovaj neprocenjivi materijal spakovao je u velike drvene kovčege (sanduke). Nakon njegove smrti, ovi sanduci su zvanično zapečaćeni i predati na čuvanje državnim institucijama (Akademiji nauke). Veći deo te njegove zaostavštine, koja sadrži ključne pisane dokaze o našoj praistoriji, do danas je ostao zaključan, skriven ili se u zvaničnim popisima vodi kao „nestao” tokom Prvog i Drugog svetskog rata, čime je sprečeno da javnost vidi njegove originalne izvore.
Miloš S. Milojević je umro u Beogradu (Kraljevina Srbija), 30. juna 1897. godine (po starom kalendaru 18. jun). Preminuo je u teškom materijalnom siromaštvu, zaboravljen od državnog vrha kome je dao i pero i mač. Sahranjen je na Novom groblju u Beogradu. Njegova sahrana je bila skromna, ali je običan narod Mačve i Beograda došao u velikom broju da oda počast čoveku koji je srbsku istoriju branio na svim frontovima.
Slava mu!
