Srpsko oslobođenje Kupresa ugrozilo je hrvatske gradove zapadne Hercegovine, Livno i Tomislavgrad. Rat je polako stizao i u hercegovački kamenjar.
U istočnoj Hercegovini, sredinom aprila, jedinice 13. Bilećkog i 2. Podgoričkog korpusa JNA iz Četvrte vojne oblasti (komandant – general Pavle Strugar) protjerale su paravojne hrvatske formacije iz grada Stoca i preuzele kontrolu nad gotovo cijelom teritorijom Hercegovine južno od Mostara. Front je išao rijekom Neretvom.
U maju su propali pregovori o prekidu vatre i JNA je oslobodila veći dio Mostara (glavnog grada Hercegovine), uključujući područja na zapadnoj obali Neretve. Ove operacije su imale za cilj obezbeđenje srpskih teritorija na istoku Hercegovine od potencijalne hrvatske agresije.
U Zagrebu su uvidjeli realnu pretnju da izgube cijelu Dalmaciju sa najvažnijim primorskim gradovima Splitom i Dubrovnikom. Jedinice hrvatske regularne vojske hitno su počele da se prebacuju u Hercegovinu. Imali su zadatak da zaustave dalje napredovanje JNA i bosanskih Srba, organizuju i predvode bosanske Hrvate, pripreme i pokrenu kontraofanzivu.
Po instrukcijama iz Zagreba, u Hercegovini je formiran „Južni front“. Ostareli general Janko Bobetko je postavljen za komadanta. (pripadnik partizanskog pokreta 1941-45, koji je doživio čin generala u Titovoj vojsci, ali je početkom 70-ih prebačen u rezervni sastav zbog podrške nacionalističkom pokretu u Hrvatskoj).
Hrvatske snage, udružene pod komandom Bobetka, krenule su u ofanzivu krajem maja, djelujući kako sa teritorije Bosne, tako i sa teritorije Hrvatske kod mjesta Stona. Hrvati su imali za cilj da potisnu JNA i Srbe sa njihovih položaja sjeverozapadno od Dubrovnika. Hrvatska ofanziva se poklopila sa povlačenjem JNA iz Bosne i Hercegovine, što je odredilo njen uspjeh: početkom juna hrvatske jedinice iz Dubrovnika pridružile su se trupama generala Bobetka, a Srbi su morali da se povuku na položaje duboko u Bosni i u Dubrovnik.
Bobetko je na sjeveru Hercegovine spremao akciju čišćenja Mostara i stolačkog kraja od Srba. Ova velika operacija bi obezbjedila sjeverni bok hrvatskih snaga koje djeluju sjeverno i istočno od Dubrovnika. Postavljen je i širi zadatak da se od srpskih trupa očisti prilično velika teritorija Hercegovine između Mostara i Dubrovnika.
Grad Mostar je istorijska prijestolnica Hercegovine, srce cijele jugoistočne regije BiH. Ime grada potiče od reči „most“, koja mu je dala čuveni Stari most preko Neretve, spomenik srednjovekovne turske arhitekture.
Hercegovina je dugo važila za uporište i kovačnicu kadrova hrvatskog nacionalizma (poput Galicije u Ukrajini). Kada je jednostrano odvajanje Hrvatske od SFRJ počelo da poprima formu oružanog sukoba između hrvatskih nacionalista s jedne strane i savezne vojske i hrvatskih Srba s druge strane, situacija u Hercegovini se iskomplikovala. Rasle su tenzije hercegovačkih Hrvata i njihovih muslimanskih simpatizera protiv jedinica Jugoslovenske narodne armije koje su bile ovdje stacionirane. Sukob se posebno zaoštrio u Mostaru. Početkom 1992. godine ovdje su se, jedna za drugom, dešavale provokacije protiv savezne vojske, u kojoj su do tada ostali, praktično samo Srbi.
1. februara izbio je oružani sukob između patrole JNA i hrvatske policije, pri čemu je ranjen jedan jugoslovenski oficir. Tri dana kasnije, stotine Hrvata blokirale su puteve koji vode od Mostara do Čitluka i Širokog Brijega u, kako je rečeno, „protestu protiv ponašanja rezervista JNA na tim područjima“. JNA je u tom trenutku prekinula operaciju opsade Dubrovnika, pri čemu je zaista bilo izolovanih slučajeva pljačke od strane rezervista.
Lokalni Srbi su na hrvatsku akciju 6. februara odgovorili blokadom saobraćaja na putu Mostar-Sarajevo. Sukob je eskalirao u Mostaru i okolini u martu 1992. godine, kao iu drugim dijelovima Bosne i Hercegovine. Od 14. marta u gradu se vode sukobi između hrvatsko-muslimanskih snaga i garnizona JNA. Tokom naredne tri nedelje, grad je konačno podjeljen na tri dijela po etničkoj liniji, barikade su se dizale na ulicama, pucnjava je postala uobičajena.
Prvog aprila, nekoliko dana pre početka „velikog rata“ u okolini Mostara su se vodile borbe između JNA i hrvatskih paravojnih formacija, a teška artiljerija je korištena i u južnom prigradskom naselju Jasenica. Konačno, 3. aprila izvršen je teroristički akt nad JNA u Mostaru: dignuta je u vazduh cisterna za gorivo u blizini vojnog logora.
Nakon početka intenzivnih neprijateljstava širom Bosne i Hercegovine 6. i 8. aprila, borbe između jedinica JNA i hrvatsko-muslimanskih snaga odvijale su se istovremeno u nekoliko regiona Hercegovine. Avioni JNA su 7. i 8. aprila izvršili napad na jednu od isturenih stanica hrvatskih neofašista, grad Široki Brijeg. Artiljerijskoj vatri savezne vojske bili su izloženi položaji hrvatskih jedinica u pojedinim područjima Mostara.
Dana 9. aprila, hrvatske snage su bezuspješno pokušale da preuzmu kontrolu nad mostarskim vojnim aerodromom. Dva dana kasnije, borci srpske TO preuzeli su kontrolu nad dve hidroelektrane na Neretvi. Gotovo bez otpora, 11. aprila JNA je ušla u grad Stolac. Borbe uz upotrebu artiljerije i avijacije vođene su i 25km južno od Mostara u regiji Čapljina.
Početkom maja u Gracu (Austrija) vođeni su pregovori lidera bosanskih Hrvata Mate Bobana i predsednika Srpske Republike BiH Radovana Karadžića. Rezultati su objavljeni 7. maja. Sklopljeno je primirje između hrvatske i srpske strane. Po dogovoru Karadžića i Bobana granica između hrvatskog i srpskog dijela Mostara išla je rijekom Neretvom.
Srbima je dodijeljen istočni dio grada i okolina, ali Hrvati nisu odustali od pretenzija na cijeli Mostar i okolna područja. Konačno riješenje problema je odloženo za detaljan dogovor „na mapi“. Na pregovorima u Gracu nije bilo predstavnika muslimanske strane, iako su Muslimani činili značajan procenat stanovništva u Mostaru. Odsustvo njihovog predstavnika u Gracu učinilo je pregovore i primirje neizvodljivim.
